IPCM merupakan salah satu anak perusahaan PT Pelabuhan Indonesia II (Persero) yang kepemilikannya juga dipegang oleh anak perusahaan PT Pelabuhan Indonesia II (Persero) yaitu PT Multi Terminal Indonesia.

Pada tahun 2020, terdapat perubahan Struktur Organisasi Perusahaan ditetapkan dalam Surat Keputusan Direksi Nomor: HK.56/28/10/2/MS-19 tentang Struktur Organisasi PT Jasa Armada Indonesia Tbk tanggal 28 Oktober 2019 dengan skema sebagai berikut:

Sejak melakukan penawaran saham perdana pada tanggal 22 Desember 2017, komposisi saham Perseroan dimiliki oleh PT Pelabuhan Indonesia II (Persero), PT Multi Terminal Indonesia dan publik dengan porsi kepemilikian sebagai berikut: